Les sous-préfets ont été institués au même moment que les préfets, par la loi du 28 pluviôse an VIII. Il y avait alors un sous-préfet par arrondissement, sauf pour l'arrondissement du chef-lieu de département, pour lequel le secrétaire général de préfecture exerçait les fonctions de sous-préfet.

Le décret du 6 avril 1811 institue un sous-préfet dans chaque arrondissement, y compris celui du chef-lieu de département. Toutefois, une ordonnance du 20 décembre 1815 décide, dans un but d'économie, de réunir les fonctions de sous-préfet de l'arrondissement du chef-lieu de département et de secrétaire général de la préfecture : les secrétaires généraux de préfectures sont assimilés à des sous-préfets. Les secrétaires généraux de préfecture sont supprimés à leur tour par l'ordonnance du 1er août 1817 et finalement rétablis par l'ordonnance du 1er mai 1820. Les fonctions de cabinet ont été introduites ultérieurement. 

FONCTION

Les sous-préfets assistent les préfets dans l'accomplissement de leur mission. À ce titre, ils sont délégués du préfet dans leurs attributions. Seul le préfet est représentant de l'État dans le département. Les sous-préfets peuvent ainsi exercer plusieurs types de fonction :

• secrétaire général de la préfecture : adjoint direct du préfet (il le supplée en cas d’absence, d’empêchement), responsable du fonctionnement de la préfecture et de l’animation des services de l’Etat dans le département. Il est également le sous-préfet d'arrondissement de la ville centre
• secrétaire général aux affaires régionales (SGAR) : il est chargé de l’animation des services régionaux de l’Etat et de la gestion des crédits européens.
• directeur du cabinet du préfet : il seconde le préfet dans la direction et la coordination de la police et de la gendarmerie, des services de secours, ainsi que dans la prévention et la gestion des crises et des situations exceptionnelles
• sous-préfet d'arrondissement : il organise et dirige l'action de l'État dans l'arrondissement
• sous-préfet chargé de mission pour la politique de la Ville