La Bourgogne bénéficie d'atouts économiques réels. Sa position géographique, au carrefour de plusieurs grandes régions économiques à l'échelle européenne, lui permet de disposer d'un important réseau d'infrastructures à grande vitesse routières, ferroviaires et fluviales, associées à des voies d'eau de grand ou moyen gabarit. En outre, la région se caractérise par une solide tradition industrielle et des filières en forte croissance. De plus, elle bénéficie d'un tissu de PME et de PMI important et présente un taux de chômage plus faible que la moyenne nationale.

Pourtant, la vigueur de l'économie et de l'emploi est fragile. Certains sites industriels sont confrontés à des restructurations profondes aux conséquences d'autant plus dommageables que le secteur tertiaire -moins élevé que la moyenne nationale- ne permet pas de compenser complètement les pertes d'emplois du secteur industriel.

Dans ce contexte, la politique d'anticipation et d'accompagnement des mutations économiques répond au besoin de favoriser la création de richesses et d'emplois sur les territoires, soit en réponse à une crise (approche défensive), soit dans une optique de renforcer durablement la compétitivité et l'innovation (approche offensive).

Accompagnement des « crises » sur les territoires

Le principal dispositif mis en place en réponse aux crises économiques sur les territoires est le contrat de site. Son objectif est d’apporter une réponse rapide aux restructurations économiques à impact local lourd, en construisant au niveau local, une véritable dynamique de mobilisation de l’ensemble des acteurs publics et privés.
 A ce jour, cinq contrats ont été mis en place sur certains territoires particulièrement affectés par une dégradation de leur tissu économique :
Chalon-sur-Saône (arrêt des productions de Kodak Industrie, 2000 suppressions d'emplois);
Nevers sud nivernais (réduction d'activité d'Aubert et Duval, d'Ugitech et d'Imphy Alloys, 300 suppressions d'emplois);
Val de Saône (désengagement du groupe Thomson, 1200 suppressions d'emplois depuis 10 ans);

Afin de favoriser la création d'emplois dans les zones prioritaires du territoire national, l'État appuie les projets majeurs d'intérêt national, au premier rang desquels les investissements internationalement mobiles, à travers le dispositif de la Prime à l'Aménagement du Territoire.
 En Bourgogne, cette aide concerne les activités industrielles et de services aux entreprises implantées dans les régions de Chalon-sur-Saône, Le Creusot-Montceau les Mines, Autun, Genlis, Avallon-Tonnerre, Clamecy et Nevers, selon le zonage permanent retenu pour la période 2007-2013. Par ailleurs, le dispositif soutient les programmes de recherche, développement, innovation mis en place sur l'ensemble des bassins de la Bourgogne. 
Depuis 2001, 37 dossiers structurants ont été accompagnés,  représentant 12,5 M EUR et 1200 emplois.

Renforcer la compétitivité des territoires et l'innovation des entreprises

Du fait de l'évolution constante de l'économie dans un contexte de concurrence et de mondialisation, la revitalisation, voire l'existence économique, d'un territoire ne peut pas être liée uniquement à la manière de limiter les suppressions d'emplois.

Dans ces conditions le SGAR Bourgogne a estimé opportun d'intégrer dans son dispositif « mutations économiques » des actions « positives » qui prennent en compte une dimension économique de compétitivité territoriale et sectorielle.
Cet accompagnement se situe dans le cadre d'une coordination et d'une coopération effective État-Région des politiques de développement économique régional et de soutien aux entreprises dans le cadre du CPER et du Programme Opérationnel FEDER.

L'État a, de plus, concentré son effort sur les types d'actions qui permettent de structurer les filières dans les territoires et d'améliorer la compétitivité d'un secteur. Un certain nombre de contrats de progrès ont d'ores et déjà été signés, qui correspondent aux filières reconnues comme prioritaires en région. Ces contrats s'adressent aux secteurs de la mécanique-métallurgie, la plasturgie, les Industries agro-alimentaires,  les TIC, le bois et  la pierre.

Enfin, conformément à la stratégie de Lisbonne, afin de consolider l'emploi sur le territoire  par  l'amélioration de la compétitivité et l'innovation dans les entreprises, l'État en Bourgogne soutient activement les pôles de compétitivité (le Pôle Nucléaire Bourgogne et Vitagora) et les pôles d'excellence (pôle de la performance automobile de compétition et pôle image, son et ingénierie numérique).